Não người là trung tâm của những phản xạ của con người, điều khiển hầu hết những hoạt động của con người. Bộ não điều khiển những phản xạ không điều kiện như điều khiển nhịp tim, tiêu hóa thức ăn,... và cả những phản xạ có điều kiện có ý thức như suy nghĩ, suy luận, lý luận, trừu tượng.[20] Bộ não con người được cho là trung tâm của những hành động có ý thức bậc cao và "thông minh" hơn những loài khác. Trong khi ở những loài động vật khác thì việc sử dụng công cụ gần như là một bản năng, hay cũng chỉ là một sự bắt chước thì kĩ thuật ở con người thì hoàn toàn phức tạp hơn, luôn bao gồm những cải tiến. Ngay cả những công cụ trong xã hội cổ của loài người cũng vô cùng hiện đại hơn bất cứ những công cụ do các loài động vật khác sử dụng.[21]

Khả năng suy luận trừu tượng của loài người có thể là duy nhất trong giới động vật. Loài người là một trong số 6 loài vượt qua bài kiểm tra gương (nhận ra bản thân ở trong gương); trong khi 5 loài còn lại là tinh tinh, tinh tinh lùn, khỉ không đuôi, cá heo và bồ câu. Tuy nhiên, những người dưới 2 tuổi hầu hết đều không vượt qua bài kiểm tra gương như trên.[22]. Tuy nhiên, cũng có một số ý kiến cho rằng đây là cách phân loại riêng của loài người nhằm thể hiện rằng con người có ý thức về bản thân, trên thực tế nó kiểm tra trí nhớ + thị giác mà thôi. Các loài khác nhau đều có cách này hoặc cách khác để giao tiếp với nhau, và có thể có ý thức ở mức độ nào đó mà loài người vẫn chưa hiểu hết được. Cuộc tranh luận về ý thức của loài người là duy nhất hay không đến nay vẫn còn chưa xác định bằng chứng rõ rệt. Một số nhà sinh học cho rằng loài người chỉ là một trong số hàng triệu phiên bản nhánh tiến hóa trong chủng loài trên Trái Đất và vẫn có thể có khiếm khuyết buộc phải tiến hóa thích nghi, hoặc bị tuyệt chủng như bất kỳ loài vật nào trên thế giới. Rằng lịch sử con người trải qua chỉ chừng 5 -10 triệu năm trong khi có những chủng loài khác đã tồn tại qua những đoạn thăng trầm nhất của lịch sử Trái Đất như loài gián, loài cá mập,... từ rất lâu trước khi con người tồn tại. Vì vậy còn quá sớm để nghĩ rằng ý thức của loài người là tiến bộ nhất, nói như tiến hóa "tồn tại, thích nghi được mới là kẻ mạnh. Phát triển vượt bậc, nhưng không thích nghi thay đổi sẽ bị tự tiêu diệt".

Bộ não con người cảm nhận thế giới qua các giác quan, và mỗi người bị ảnh hưởng rất nhiều bởi những kinh nghiệm của họ, dẫn đến nhận thức sự hiện hữu của bản thân và thời gian. Một số nhà khoa học thậm chí còn cho rằng con người không hề có ý nghĩ, mà nó chỉ là kết quả của một số quá trình cảm nhận từ bên trong hay từ bên ngoài, giống như những phần mềm đang chạy song song trên máy tính.[23] Con người đã nghiên cứu rất nhiều về ảnh hưởng của trí tuệ và bộ não, bằng chứng là sự ra đời những môn học như thần kinh học để nghiên cứu những vấn đề về hệ thần kinh, tâm lý học để nghiên cứu những khía cạnh biểu hiện về hình thức bên ngoài, và đôi khi có thể kể thêm môn thần kinh học, một môn học tìm cách chữa những chứng bệnh có liên quan đến những hành vi cư xử bất thường. Môn tâm lý học không quan tâm chú trọng nhiều đến cấu trúc bộ não mà chỉ chú ý nhiều đến quá trình xử lý thông tin của bộ não. Trong thời đại ngày nay, nhờ vào những cuộc tìm kiếm không ngừng nghỉ về cấu trúc bộ não con người đã giúp cho con người phát triển những ngành khoa học đầy triển vọng khác như trí thông minh nhân tạo,...

Quá trình suy nghĩ của con người là trung tâm của ngành tâm lý học và những ngành khác có liên quan. Ngành tâm lý học nhận thức nghiên cứu về sự nhận thức của con người, quá trình mà con người suy nghĩ để dẫn đến một hành vi nào đó. Những khía cạnh khác như cảm giác, khả năng học hỏi, giải quyết vấn đề, trí nhớ, sự tập trung, ngôn ngữ và cả cảm xúc cũng được nghiên cứu rất kĩ càng. Những tiến bộ trong ngành tâm lý học nhận thức được áp dụng rất rộng rãi trong những lĩnh vực khác nhau trong cuộc sống. Với mục tiêu chính là nghiên cứu sự hình thành tâm lý của con người trong cả cuộc đời, ngành tâm lý học phát triển tìm hiểu cách mà con người hiểu được và phản ứng lại với thế giới xung quanh và sự thay đổi khả năng đó theo thời gian. Ngành này cũng tập trung nhiều đến vấn đề trí thông minh, tính xã hội, sự đạo đức, nhân đạo của một người. Ngành tâm lý học xã hội tìm cách liên kết xã hội học với tâm lý học bằng cách cùng nhau chia sẻ những sự tương đồng và nguồn gốc của những hành vi của con người trong xã hội và cũng nhấn mạnh về vấn đề giao tiếp của con người. Ngoài ra còn có môn tâm lý học tiến hóa để nghiên cứu về hành vi của tất cả con người và loài vật